src/gnCompare.cpp
Go to the documentation of this file.00001
00002
00003
00004
00005
00006
00007
00008
00009
00010
00012
#include "gn/gnCompare.h"
00013
00014
00015
00016 const gnCompare *
gnCompare::ProteinSeqCompare(){
00017
const static gnCompare* t_comp =
new gnCompare(
ProteinSeqCompareType);
00018
return t_comp;
00019 }
00020 const gnCompare *
gnCompare::DNASeqCompare(){
00021
const static gnCompare* t_comp =
new gnCompare(
DNASeqCompareType);
00022
return t_comp;
00023 }
00024 const gnCompare *
gnCompare::RNASeqCompare(){
00025
const static gnCompare* t_comp =
new gnCompare(
RNASeqCompareType);
00026
return t_comp;
00027 }
00028
00029 gnCompare::gnCompare(
const gnCompareType c_type ){
00030
for(
gnSeqC i = 0; i <
GNSEQC_MAX; ++i ){
00031
m_pairArray[i] =
new gnSeqC[1];
00032
m_pairArray[i][0] = 0;
00033
m_containArray[i] =
new gnSeqC[1];
00034
m_containArray[i][0] = 0;
00035 }
00036
switch(c_type){
00037
case ProteinSeqCompareType:
00038
CreateProteinComparator();
00039
break;
00040
case DNASeqCompareType:
00041
CreateDNAComparator();
00042
break;
00043
case RNASeqCompareType:
00044
CreateRNAComparator();
00045
break;
00046 }
00047 }
00048
00049 boolean gnCompare::Contains(
gnSeqC ch,
gnSeqC ch2,
boolean case_sensitive)
const
00050
{
00051
if(!case_sensitive){
00052 ch = toupper(ch);
00053 ch2 = toupper(ch2);
00054 }
00055
if(strchr(
m_containArray[ch], ch2) == 0)
00056
return false;
00057
return true;
00058 }
00059
00060 boolean gnCompare::Contains(
const gnSeqC* seq,
const gnSeqC* seq2,
const uint32 len,
boolean case_sensitive )
const{
00061
for(
uint32 i=0; i < len ; ++i )
00062
if(!
Contains(seq[i], seq2[i], case_sensitive))
00063
return false;
00064
return true;
00065 }
00066
00067 boolean gnCompare::Contains(
const string &seq,
const string &seq2,
boolean case_sensitive)
const
00068
{
00069
gnSeqI shorter_len = seq.length() < seq2.length() ? seq.length() : seq2.length();
00070
return Contains( (
gnSeqC*)seq.data(), (
gnSeqC*)seq2.data(), shorter_len, case_sensitive );
00071 }
00072
00073 gnCompare::gnCompare()
00074 {
00075
for(
gnSeqC i = 0; i <
GNSEQC_MAX; ++i ){
00076
m_pairArray[i] =
new gnSeqC[1];
00077
m_pairArray[i][0] = 0;
00078
m_containArray[i] =
new gnSeqC[1];
00079
m_containArray[i][0] = 0;
00080 }
00081 }
00082
00083 gnCompare::gnCompare(
const gnCompare &sf )
00084 {
00085
m_name = sf.
m_name;
00086
for(
gnSeqC i = 0; i <
GNSEQC_MAX; ++i ){
00087
m_pairArray[i] =
new gnSeqC[strlen(sf.
m_pairArray[i])+1];
00088 strcpy(
m_pairArray[i], sf.
m_pairArray[i]);
00089
m_containArray[i] =
new gnSeqC[strlen(sf.
m_containArray[i])+1];
00090 strcpy(
m_containArray[i], sf.
m_containArray[i]);
00091 }
00092 }
00093 gnCompare::~gnCompare()
00094 {
00095
for(
gnSeqC i = 0; i <
GNSEQC_MAX; ++i ){
00096
delete[]
m_pairArray[i];
00097
delete[]
m_containArray[i];
00098 }
00099 }
00100
00101
00102 void gnCompare::AddArrayEntry(
gnSeqC *array[GNSEQC_MAX],
const gnSeqC ch,
const gnSeqC ch2){
00103
uint32 curlen = strlen(array[ch]);
00104
gnSeqC* tmp =
new gnSeqC[curlen + 2];
00105 strcpy(tmp, array[ch]);
00106 tmp[curlen] = ch2;
00107 tmp[curlen+1] = 0;
00108
delete[] array[ch];
00109 array[ch] = tmp;
00110 }
00111
00112 void gnCompare::DelArrayEntry(
gnSeqC *array[GNSEQC_MAX],
const gnSeqC ch,
const gnSeqC ch2){
00113
00114
gnSeqC* loc = strchr(
m_containArray[ch], ch2);
00115
uint32 count = 0;
00116
while(loc != NULL){
00117 count++;
00118 loc = strchr(loc+1, ch2);
00119 }
00120
if(count == 0)
00121
return;
00122
00123
uint32 curlen = strlen(array[ch]);
00124
gnSeqC* tmp =
new gnSeqC[curlen - count];
00125
uint32 tmppos = 0;
00126
for(
uint32 i=0; i < curlen; i++)
00127
if(
m_containArray[ch][i] != ch2)
00128 tmp[tmppos++] =
m_containArray[ch][i];
00129 tmp[tmppos] = 0;
00130
delete[] array[ch];
00131 array[ch] = tmp;
00132 }
00133
00134
00135 void gnCompare::CreateProteinComparator()
00136 {
00137
SetName(
"Protein Comparator" );
00138
SetSingle(
'A' );
00139
SetSingle(
'R' );
00140
SetSingle(
'N' );
00141
SetSingle(
'D' );
00142
SetSingle(
'C' );
00143
SetSingle(
'Q' );
00144
SetSingle(
'E' );
00145
SetSingle(
'G' );
00146
SetSingle(
'H' );
00147
SetSingle(
'I' );
00148
SetSingle(
'L' );
00149
SetSingle(
'K' );
00150
SetSingle(
'M' );
00151
SetSingle(
'F' );
00152
SetSingle(
'P' );
00153
SetSingle(
'S' );
00154
SetSingle(
'T' );
00155
SetSingle(
'W' );
00156
SetSingle(
'Y' );
00157
SetSingle(
'V' );
00158
SetSingle(
'.' );
00159
00160
SetSingle(
'a' );
00161
SetSingle(
'r' );
00162
SetSingle(
'n' );
00163
SetSingle(
'd' );
00164
SetSingle(
'c' );
00165
SetSingle(
'q' );
00166
SetSingle(
'e' );
00167
SetSingle(
'g' );
00168
SetSingle(
'h' );
00169
SetSingle(
'i' );
00170
SetSingle(
'l' );
00171
SetSingle(
'k' );
00172
SetSingle(
'm' );
00173
SetSingle(
'f' );
00174
SetSingle(
'p' );
00175
SetSingle(
's' );
00176
SetSingle(
't' );
00177
SetSingle(
'w' );
00178
SetSingle(
'y' );
00179
SetSingle(
'v' );
00180 }
00181
00182 void gnCompare::CreateDNAComparator()
00183 {
00184
SetName(
"Full DNA Comparator" );
00185
00186
SetSingle(
'a' );
00187
SetSingle(
'c' );
00188
SetSingle(
'g' );
00189
SetSingle(
't' );
00190
SetSingle(
'r' );
00191
SetSingle(
'k' );
00192
SetSingle(
's' );
00193
SetSingle(
'm' );
00194
SetSingle(
'y' );
00195
SetSingle(
'w' );
00196
SetSingle(
'b' );
00197
SetSingle(
'v' );
00198
SetSingle(
'd' );
00199
SetSingle(
'h' );
00200
SetSingle(
'n' );
00201
SetSingle(
'x' );
00202
00203
SetSingle(
'A' );
00204
SetSingle(
'C' );
00205
SetSingle(
'G' );
00206
SetSingle(
'T' );
00207
SetSingle(
'R' );
00208
SetSingle(
'K' );
00209
SetSingle(
'S' );
00210
SetSingle(
'M' );
00211
SetSingle(
'Y' );
00212
SetSingle(
'W' );
00213
SetSingle(
'B' );
00214
SetSingle(
'V' );
00215
SetSingle(
'D' );
00216
SetSingle(
'H' );
00217
SetSingle(
'N' );
00218
SetSingle(
'X' );
00219
00220
SetPair(
'g',
'r' );
00221
SetPair(
'g',
'k' );
00222
SetPair(
'g',
's' );
00223
SetPair(
'g',
'd' );
00224
SetPair(
'g',
'v' );
00225
SetPair(
'g',
'b' );
00226
SetPair(
'g',
'x' );
00227
SetPair(
'G',
'R' );
00228
SetPair(
'G',
'K' );
00229
SetPair(
'G',
'S' );
00230
SetPair(
'G',
'D' );
00231
SetPair(
'G',
'V' );
00232
SetPair(
'G',
'B' );
00233
SetPair(
'G',
'X' );
00234
SetPair(
'a',
'r' );
00235
SetPair(
'a',
'w' );
00236
SetPair(
'a',
'm' );
00237
SetPair(
'a',
'd' );
00238
SetPair(
'a',
'v' );
00239
SetPair(
'a',
'h' );
00240
SetPair(
'a',
'x' );
00241
SetPair(
'A',
'R' );
00242
SetPair(
'A',
'W' );
00243
SetPair(
'A',
'M' );
00244
SetPair(
'A',
'D' );
00245
SetPair(
'A',
'V' );
00246
SetPair(
'A',
'H' );
00247
SetPair(
'A',
'B' );
00248
SetPair(
'A',
'X' );
00249
SetPair(
'c',
's' );
00250
SetPair(
'c',
'm' );
00251
SetPair(
'c',
'y' );
00252
SetPair(
'c',
'v' );
00253
SetPair(
'c',
'b' );
00254
SetPair(
'c',
'h' );
00255
SetPair(
'c',
'x' );
00256
SetPair(
'C',
'S' );
00257
SetPair(
'C',
'M' );
00258
SetPair(
'C',
'Y' );
00259
SetPair(
'C',
'V' );
00260
SetPair(
'C',
'B' );
00261
SetPair(
'C',
'H' );
00262
SetPair(
'C',
'X' );
00263
SetPair(
't',
'k' );
00264
SetPair(
't',
'w' );
00265
SetPair(
't',
'y' );
00266
SetPair(
't',
'd' );
00267
SetPair(
't',
'b' );
00268
SetPair(
't',
'h' );
00269
SetPair(
't',
'x' );
00270
SetPair(
'T',
'K' );
00271
SetPair(
'T',
'W' );
00272
SetPair(
'T',
'Y' );
00273
SetPair(
'T',
'D' );
00274
SetPair(
'T',
'B' );
00275
SetPair(
'T',
'H' );
00276
SetPair(
'T',
'X' );
00277
00278
SetPair(
'r',
'x' );
00279
SetPair(
'y',
'x' );
00280
SetPair(
'w',
'x' );
00281
SetPair(
's',
'x' );
00282
SetPair(
'k',
'x' );
00283
SetPair(
'm',
'x' );
00284
SetPair(
'b',
'x' );
00285
SetPair(
'd',
'x' );
00286
SetPair(
'h',
'x' );
00287
SetPair(
'v',
'x' );
00288
SetPair(
'n',
'x' );
00289
00290
SetPair(
'R',
'X' );
00291
SetPair(
'Y',
'X' );
00292
SetPair(
'W',
'X' );
00293
SetPair(
'S',
'X' );
00294
SetPair(
'K',
'X' );
00295
SetPair(
'M',
'X' );
00296
SetPair(
'B',
'X' );
00297
SetPair(
'D',
'X' );
00298
SetPair(
'H',
'X' );
00299
SetPair(
'V',
'X' );
00300
SetPair(
'N',
'X' );
00301
00302
SetPair(
'k',
'd' );
00303
SetPair(
'k',
'b' );
00304
SetPair(
'r',
'd' );
00305
SetPair(
'r',
'v' );
00306
SetPair(
's',
'v' );
00307
SetPair(
's',
'b' );
00308
SetPair(
'm',
'v' );
00309
SetPair(
'm',
'h' );
00310
SetPair(
'w',
'd' );
00311
SetPair(
'w',
'h' );
00312
SetPair(
'y',
'b' );
00313
SetPair(
'y',
'h' );
00314
00315
SetPair(
'K',
'D' );
00316
SetPair(
'K',
'B' );
00317
SetPair(
'R',
'D' );
00318
SetPair(
'R',
'V' );
00319
SetPair(
'S',
'V' );
00320
SetPair(
'S',
'B' );
00321
SetPair(
'M',
'V' );
00322
SetPair(
'M',
'H' );
00323
SetPair(
'W',
'D' );
00324
SetPair(
'W',
'H' );
00325
SetPair(
'Y',
'B' );
00326
SetPair(
'Y',
'H' );
00327
00328
SetContained(
'g',
'r' );
00329
SetContained(
'g',
'k' );
00330
SetContained(
'g',
's' );
00331
SetContained(
'g',
'd' );
00332
SetContained(
'g',
'v' );
00333
SetContained(
'g',
'b' );
00334
SetContained(
'g',
'x' );
00335
SetContained(
'G',
'R' );
00336
SetContained(
'G',
'K' );
00337
SetContained(
'G',
'S' );
00338
SetContained(
'G',
'D' );
00339
SetContained(
'G',
'V' );
00340
SetContained(
'G',
'B' );
00341
SetContained(
'G',
'X' );
00342
SetContained(
'a',
'r' );
00343
SetContained(
'a',
'w' );
00344
SetContained(
'a',
'm' );
00345
SetContained(
'a',
'd' );
00346
SetContained(
'a',
'v' );
00347
SetContained(
'a',
'h' );
00348
SetContained(
'a',
'x' );
00349
SetContained(
'A',
'R' );
00350
SetContained(
'A',
'W' );
00351
SetContained(
'A',
'M' );
00352
SetContained(
'A',
'D' );
00353
SetContained(
'A',
'V' );
00354
SetContained(
'A',
'H' );
00355
SetContained(
'A',
'B' );
00356
SetContained(
'A',
'X' );
00357
SetContained(
'c',
's' );
00358
SetContained(
'c',
'm' );
00359
SetContained(
'c',
'y' );
00360
SetContained(
'c',
'v' );
00361
SetContained(
'c',
'b' );
00362
SetContained(
'c',
'h' );
00363
SetContained(
'c',
'x' );
00364
SetContained(
'C',
'S' );
00365
SetContained(
'C',
'M' );
00366
SetContained(
'C',
'Y' );
00367
SetContained(
'C',
'V' );
00368
SetContained(
'C',
'B' );
00369
SetContained(
'C',
'H' );
00370
SetContained(
'C',
'X' );
00371
SetContained(
't',
'k' );
00372
SetContained(
't',
'w' );
00373
SetContained(
't',
'y' );
00374
SetContained(
't',
'd' );
00375
SetContained(
't',
'b' );
00376
SetContained(
't',
'h' );
00377
SetContained(
't',
'x' );
00378
SetContained(
'T',
'K' );
00379
SetContained(
'T',
'W' );
00380
SetContained(
'T',
'Y' );
00381
SetContained(
'T',
'D' );
00382
SetContained(
'T',
'B' );
00383
SetContained(
'T',
'H' );
00384
SetContained(
'T',
'X' );
00385
00386
SetContained(
'r',
'x' );
00387
SetContained(
'y',
'x' );
00388
SetContained(
'w',
'x' );
00389
SetContained(
's',
'x' );
00390
SetContained(
'k',
'x' );
00391
SetContained(
'm',
'x' );
00392
SetContained(
'b',
'x' );
00393
SetContained(
'd',
'x' );
00394
SetContained(
'h',
'x' );
00395
SetContained(
'v',
'x' );
00396
SetContained(
'n',
'x' );
00397
00398
SetContained(
'R',
'X' );
00399
SetContained(
'Y',
'X' );
00400
SetContained(
'W',
'X' );
00401
SetContained(
'S',
'X' );
00402
SetContained(
'K',
'X' );
00403
SetContained(
'M',
'X' );
00404
SetContained(
'B',
'X' );
00405
SetContained(
'D',
'X' );
00406
SetContained(
'H',
'X' );
00407
SetContained(
'V',
'X' );
00408
SetContained(
'N',
'X' );
00409
00410
SetContained(
'k',
'd' );
00411
SetContained(
'k',
'b' );
00412
SetContained(
'r',
'd' );
00413
SetContained(
'r',
'v' );
00414
SetContained(
's',
'v' );
00415
SetContained(
's',
'b' );
00416
SetContained(
'm',
'v' );
00417
SetContained(
'm',
'h' );
00418
SetContained(
'w',
'd' );
00419
SetContained(
'w',
'h' );
00420
SetContained(
'y',
'b' );
00421
SetContained(
'y',
'h' );
00422
00423
SetContained(
'K',
'D' );
00424
SetContained(
'K',
'B' );
00425
SetContained(
'R',
'D' );
00426
SetContained(
'R',
'V' );
00427
SetContained(
'S',
'V' );
00428
SetContained(
'S',
'B' );
00429
SetContained(
'M',
'V' );
00430
SetContained(
'M',
'H' );
00431
SetContained(
'W',
'D' );
00432
SetContained(
'W',
'H' );
00433
SetContained(
'Y',
'B' );
00434
SetContained(
'Y',
'H' );
00435
00436 }
00437
00438 void gnCompare::CreateRNAComparator()
00439 {
00440
SetName(
"Full RNA Comparator" );
00441
00442
SetSingle(
'a' );
00443
SetSingle(
'c' );
00444
SetSingle(
'g' );
00445
SetSingle(
'u' );
00446
SetSingle(
'r' );
00447
SetSingle(
'k' );
00448
SetSingle(
's' );
00449
SetSingle(
'm' );
00450
SetSingle(
'y' );
00451
SetSingle(
'w' );
00452
SetSingle(
'b' );
00453
SetSingle(
'v' );
00454
SetSingle(
'd' );
00455
SetSingle(
'h' );
00456
SetSingle(
'n' );
00457
SetSingle(
'x' );
00458
00459
SetSingle(
'A' );
00460
SetSingle(
'C' );
00461
SetSingle(
'G' );
00462
SetSingle(
'U' );
00463
SetSingle(
'R' );
00464
SetSingle(
'K' );
00465
SetSingle(
'S' );
00466
SetSingle(
'M' );
00467
SetSingle(
'Y' );
00468
SetSingle(
'W' );
00469
SetSingle(
'B' );
00470
SetSingle(
'V' );
00471
SetSingle(
'D' );
00472
SetSingle(
'H' );
00473
SetSingle(
'N' );
00474
SetSingle(
'X' );
00475
00476
SetPair(
'g',
'r' );
00477
SetPair(
'g',
'k' );
00478
SetPair(
'g',
's' );
00479
SetPair(
'g',
'd' );
00480
SetPair(
'g',
'v' );
00481
SetPair(
'g',
'b' );
00482
SetPair(
'g',
'x' );
00483
SetPair(
'G',
'R' );
00484
SetPair(
'G',
'K' );
00485
SetPair(
'G',
'S' );
00486
SetPair(
'G',
'D' );
00487
SetPair(
'G',
'V' );
00488
SetPair(
'G',
'B' );
00489
SetPair(
'G',
'X' );
00490
SetPair(
'a',
'r' );
00491
SetPair(
'a',
'w' );
00492
SetPair(
'a',
'm' );
00493
SetPair(
'a',
'd' );
00494
SetPair(
'a',
'v' );
00495
SetPair(
'a',
'h' );
00496
SetPair(
'a',
'x' );
00497
SetPair(
'A',
'R' );
00498
SetPair(
'A',
'W' );
00499
SetPair(
'A',
'M' );
00500
SetPair(
'A',
'D' );
00501
SetPair(
'A',
'V' );
00502
SetPair(
'A',
'H' );
00503
SetPair(
'A',
'B' );
00504
SetPair(
'A',
'X' );
00505
SetPair(
'c',
's' );
00506
SetPair(
'c',
'm' );
00507
SetPair(
'c',
'y' );
00508
SetPair(
'c',
'v' );
00509
SetPair(
'c',
'b' );
00510
SetPair(
'c',
'h' );
00511
SetPair(
'c',
'x' );
00512
SetPair(
'C',
'S' );
00513
SetPair(
'C',
'M' );
00514
SetPair(
'C',
'Y' );
00515
SetPair(
'C',
'V' );
00516
SetPair(
'C',
'B' );
00517
SetPair(
'C',
'H' );
00518
SetPair(
'C',
'X' );
00519
SetPair(
'u',
'k' );
00520
SetPair(
'u',
'w' );
00521
SetPair(
'u',
'y' );
00522
SetPair(
'u',
'd' );
00523
SetPair(
'u',
'b' );
00524
SetPair(
'u',
'h' );
00525
SetPair(
'u',
'x' );
00526
SetPair(
'U',
'K' );
00527
SetPair(
'U',
'W' );
00528
SetPair(
'U',
'Y' );
00529
SetPair(
'U',
'D' );
00530
SetPair(
'U',
'B' );
00531
SetPair(
'U',
'H' );
00532
SetPair(
'U',
'X' );
00533
00534
SetPair(
'r',
'x' );
00535
SetPair(
'y',
'x' );
00536
SetPair(
'w',
'x' );
00537
SetPair(
's',
'x' );
00538
SetPair(
'k',
'x' );
00539
SetPair(
'm',
'x' );
00540
SetPair(
'b',
'x' );
00541
SetPair(
'd',
'x' );
00542
SetPair(
'h',
'x' );
00543
SetPair(
'v',
'x' );
00544
SetPair(
'n',
'x' );
00545
00546
SetPair(
'R',
'X' );
00547
SetPair(
'Y',
'X' );
00548
SetPair(
'W',
'X' );
00549
SetPair(
'S',
'X' );
00550
SetPair(
'K',
'X' );
00551
SetPair(
'M',
'X' );
00552
SetPair(
'B',
'X' );
00553
SetPair(
'D',
'X' );
00554
SetPair(
'H',
'X' );
00555
SetPair(
'V',
'X' );
00556
SetPair(
'N',
'X' );
00557
00558
SetPair(
'k',
'd' );
00559
SetPair(
'k',
'b' );
00560
SetPair(
'r',
'd' );
00561
SetPair(
'r',
'v' );
00562
SetPair(
's',
'v' );
00563
SetPair(
's',
'b' );
00564
SetPair(
'm',
'v' );
00565
SetPair(
'm',
'h' );
00566
SetPair(
'w',
'd' );
00567
SetPair(
'w',
'h' );
00568
SetPair(
'y',
'b' );
00569
SetPair(
'y',
'h' );
00570
00571
SetPair(
'K',
'D' );
00572
SetPair(
'K',
'B' );
00573
SetPair(
'R',
'D' );
00574
SetPair(
'R',
'V' );
00575
SetPair(
'S',
'V' );
00576
SetPair(
'S',
'B' );
00577
SetPair(
'M',
'V' );
00578
SetPair(
'M',
'H' );
00579
SetPair(
'W',
'D' );
00580
SetPair(
'W',
'H' );
00581
SetPair(
'Y',
'B' );
00582
SetPair(
'Y',
'H' );
00583
00584
SetContained(
'g',
'r' );
00585
SetContained(
'g',
'k' );
00586
SetContained(
'g',
's' );
00587
SetContained(
'g',
'd' );
00588
SetContained(
'g',
'v' );
00589
SetContained(
'g',
'b' );
00590
SetContained(
'g',
'x' );
00591
SetContained(
'G',
'R' );
00592
SetContained(
'G',
'K' );
00593
SetContained(
'G',
'S' );
00594
SetContained(
'G',
'D' );
00595
SetContained(
'G',
'V' );
00596
SetContained(
'G',
'B' );
00597
SetContained(
'G',
'X' );
00598
SetContained(
'a',
'r' );
00599
SetContained(
'a',
'w' );
00600
SetContained(
'a',
'm' );
00601
SetContained(
'a',
'd' );
00602
SetContained(
'a',
'v' );
00603
SetContained(
'a',
'h' );
00604
SetContained(
'a',
'x' );
00605
SetContained(
'A',
'R' );
00606
SetContained(
'A',
'W' );
00607
SetContained(
'A',
'M' );
00608
SetContained(
'A',
'D' );
00609
SetContained(
'A',
'V' );
00610
SetContained(
'A',
'H' );
00611
SetContained(
'A',
'B' );
00612
SetContained(
'A',
'X' );
00613
SetContained(
'c',
's' );
00614
SetContained(
'c',
'm' );
00615
SetContained(
'c',
'y' );
00616
SetContained(
'c',
'v' );
00617
SetContained(
'c',
'b' );
00618
SetContained(
'c',
'h' );
00619
SetContained(
'c',
'x' );
00620
SetContained(
'C',
'S' );
00621
SetContained(
'C',
'M' );
00622
SetContained(
'C',
'Y' );
00623
SetContained(
'C',
'V' );
00624
SetContained(
'C',
'B' );
00625
SetContained(
'C',
'H' );
00626
SetContained(
'C',
'X' );
00627
SetContained(
'u',
'k' );
00628
SetContained(
'u',
'w' );
00629
SetContained(
'u',
'y' );
00630
SetContained(
'u',
'd' );
00631
SetContained(
'u',
'b' );
00632
SetContained(
'u',
'h' );
00633
SetContained(
'u',
'x' );
00634
SetContained(
'U',
'K' );
00635
SetContained(
'U',
'W' );
00636
SetContained(
'U',
'Y' );
00637
SetContained(
'U',
'D' );
00638
SetContained(
'U',
'B' );
00639
SetContained(
'U',
'H' );
00640
SetContained(
'U',
'X' );
00641
00642
SetContained(
'r',
'x' );
00643
SetContained(
'y',
'x' );
00644
SetContained(
'w',
'x' );
00645
SetContained(
's',
'x' );
00646
SetContained(
'k',
'x' );
00647
SetContained(
'm',
'x' );
00648
SetContained(
'b',
'x' );
00649
SetContained(
'd',
'x' );
00650
SetContained(
'h',
'x' );
00651
SetContained(
'v',
'x' );
00652
SetContained(
'n',
'x' );
00653
00654
SetContained(
'R',
'X' );
00655
SetContained(
'Y',
'X' );
00656
SetContained(
'W',
'X' );
00657
SetContained(
'S',
'X' );
00658
SetContained(
'K',
'X' );
00659
SetContained(
'M',
'X' );
00660
SetContained(
'B',
'X' );
00661
SetContained(
'D',
'X' );
00662
SetContained(
'H',
'X' );
00663
SetContained(
'V',
'X' );
00664
SetContained(
'N',
'X' );
00665
00666
SetContained(
'k',
'd' );
00667
SetContained(
'k',
'b' );
00668
SetContained(
'r',
'd' );
00669
SetContained(
'r',
'v' );
00670
SetContained(
's',
'v' );
00671
SetContained(
's',
'b' );
00672
SetContained(
'm',
'v' );
00673
SetContained(
'm',
'h' );
00674
SetContained(
'w',
'd' );
00675
SetContained(
'w',
'h' );
00676
SetContained(
'y',
'b' );
00677
SetContained(
'y',
'h' );
00678
00679
SetContained(
'K',
'D' );
00680
SetContained(
'K',
'B' );
00681
SetContained(
'R',
'D' );
00682
SetContained(
'R',
'V' );
00683
SetContained(
'S',
'V' );
00684
SetContained(
'S',
'B' );
00685
SetContained(
'M',
'V' );
00686
SetContained(
'M',
'H' );
00687
SetContained(
'W',
'D' );
00688
SetContained(
'W',
'H' );
00689
SetContained(
'Y',
'B' );
00690
SetContained(
'Y',
'H' );
00691 }
Generated on Mon Feb 14 19:28:19 2005 for libGenome by
1.3.8